Карион Истомин писал проповеди, вел переписку, составлял послания и грамоты для патриарха Иоакима, выполнял секретарские обязанности при его преемнике Адриане. При царевне Софье Алексеевна – придворный поэт; сохранил высокое положение и после утверждения на престоле Петра I, став воспитателем царевича Алексея Петровича. В 1698–1701 годы – начальник Печатного двора. В это время особенно тесно общался с Димитрием Ростовским.

Перу монаха Кариона принадлежат книги «Едем», «Екклесиа», «Град Царства Небеснаго» («Полис»), «Домострой» (перевод трактата Эразма Роттердамского, заглавие позднее), по характеру своему просветительские и религиозно-дидактические; «Книга Стамна духоносная» – стихи в честь святых; «Стихи на Воскресение Господа нашего Иисуса Христа»; стихотворные обличения старообрядцев и протестантов; шутливые вирши; службы, молитвы, акафисты, кондаки, икосы, каноны, двадцати двух «слов» (сборник «Веселиил»), которые, вероятно, не только составлялись, но и произносились (характер проповедей – ученый); толкований, исторических повестей, поучений; «Катехизиса», в котором развивались идеи «Манны» Сильвестра Медведева; исторических трудов (предположительно – «Летописец Великия земли Российския»).

Карион – автор букварей печатных (1694, 1696) и рукописных подносных (1692, 1693, 1695). По экземпляру первого составленного им букваря в марте 1692 года он преподнес царице Наталии Кирилловне, бабке царевича, и царице Прасковье Федоровне.

Карион Истомин создал своего рода рукописный «книжный макет», который позднее воплотил в печати. Гравер Оружейной палаты Леонтий Бунин вырезал букварь резцом на меди, и в 1694 году вышло в свет его печатное издание в количестве 106 экземпляров.

В «Букваре» 44 листа и около 400 рисунков. Титул начинается с гравюры: Христос с развернутой на коленях книгой в окружении учеников со свитками «Астрономия», «Филология», «Риторика», «Философия», «Грамматика», «Геометрия». В обрамлении цветов и акантовых листьев помещены стихи, объясняющие назначение книги, называющие автора и выходные данные. Второй лист служит продолжением титула: «Букварь славянороссийских писмен уставных и скорописных греческих же латинских и польских со образованием вещей и с нравоучительными стихами: во славу всетворца Господа бога и в честь пресвятой девы Богородицы Марии и всех святых изобразил на дщицах ваянием имущим учитися отроком и отроковицам мужам и женам писати. Под всяким же писменем ради любезного отрочатом учащимся предложены виды во удобное звание в складе: да что видит, сие и назовет слогом писмене».

Каждой букве в «Букваре» посвящена отдельная страница, художественный облик которой (при всей уникальности каждой) имеет определенную общую основу. Во главе буквенного ряда изображен человек в доспехах, поза которого напоминает начертание буквы. Это и является лицевым изображением, давшим название и рукописным, и печатному букварям.

В 1695 году Карион Истомин подготовил, а в 1696 году тиражом в двадцать экземпляров издал «Большой букварь», напечатанный типографским способом на Печатном дворе с использованием метода так называемой высокой печати в две краски – черную и красную.

Заслуга Кариона перед потомками не только в создании первого аналога современной азбуки, но также и в том, что он, в отличие от своих предшественников, в том числе Симеона Полоцкого и Сильвестра Медведева, является первооткрывателем нового поэтического ряда – лирики. А еще он создавал акростихи, особенностью которых является то, что из начальных букв каждой строки складываются слова и фразы.