Карион Истомин родился в Курске в семье подьячего Истомы Забулонского. Точной даты его рождения, как и имени, не установлено. Имя Кариона Истомина он получил при монашестве. Был родственником Сильвестру Медведеву: его старший брат Гаврила был женат на сестре Медведева – Дарье.

В 1670 году Карион принял монашеский постриг в Молченской пустыни. С 1676 года он обретался при московских монастырях. В 1677 году, по прибытии в Москву Сильвестра Медведева, Карион перебрался в Заиконоспасский монастырь, настоятелем которого стал Медведев. В это время произошло его знакомство с Симеоном Полоцким и начался период интенсивного самообразования.

В 1679 году Карион познакомился с патриархом Иоакимом и в этом же году, благодаря расположению к нему первого духовного лица государства, был принят на работу в Московский Печатный двор на должность писца. В этой должности он трудился около трех лет, не забывая параллельно с этим постигать премудрость знаний; овладел польским, греческим и латинским языками, риторикой, навыками стихосложения. И уже в 1681 году в Типографской школе, открытой при Печатном дворе, преподавал греческий язык новым слушателям, а в 1682 году, накануне смерти царя Федора Алексеевича, был назначен справщиком Печатного двора.

Во время стрелецкого мятежа осенью 1682 года, когда царевна Софья вместе с малолетними царевичами Иваном и Петром укрылась от мятежных стрельцов за стенами Троице-Сергиевого монастыря, патриарх Иоаким направил ей свои книги «Цвет духовный», которые доставил ей не кто иной, как инок Карион. Вскоре он же преподнес правительнице целый стихотворный цикл, состоящий из 16 отдельных стихотворных текстов, написанных в силлабическом стиле. В стихах прославлял книжное учение и просил царевну завести в Москве высшую школу. Эту же тему он продолжил и в следующем году, преподнеся Софье Алексеевне «Книгу желательно приветство мудрости».

Кроме стихотворных велеречивых посвящений царевне-правительнице Софье Алексеевне, предусмотрительный и дальновидный Карион в этот период написал «приветства» царю Петру, царицам Наталье Кирилловне, Марфе Матвеевне, Прасковье Федоровне, Евдокии Федоровне, а также царевнам Татьяне Михайловне и Наталье Алексеевне.

В 1684 году Карион получил от патриарха довольно важное поручение. Будучи дружным с новоспасским архимандритом Игнатием, он отправляется с ним для «проведения розыска» по делу смоленского владыки Симеона. С поручением справился успешно, чем и заслужил еще большую благосклонность первосвятителя.

В 1684–1685 годах он совместно с Сильвестром Медведевым и Мардарием Хониковым участвовал в подготовке издания двенадцати томов Миней, выполняя патриарший заказ. Он не только «правил» тексты, но и некоторое время входил в «минейную комиссию» по изданию этих книг.

В 1686 году братья Иоанникий и Софроний Лихуды с благословения патриарха создали высшую духовную школу «греческого толка», одним из первых ее слушателей стал Карион. Впрочем, это не помешало ему работать вместе с Медведевым над философским трудом «Созерцание», оконченным около 1688 года.

В 1689 году на Медведева со стороны патриарха и его окружения начались гонения. Карион, несмотря на родство с земляком-курянином, держался в стороне. Но при этом предпринял усилия по сближению с окружением царя Петра Алексеевича. Он написал «Книгу любви знак в честен брак», посвященную бракосочетанию Петра и Евдокии Лопухиной. С рождением же у Петра и Евдокии сына Алексея в 1690 году Карион предпринял некоторые шаги для того, чтобы быть у царского наследника в учителях. В 1691 году он принялся за написание букваря и в марте 1692 года преподнес по экземпляру своего «Букваря славено-российских писмен, со образцами вещей и с нравоучительными стихами» царице Наталии Кирилловне, бабке царевича, и царице Прасковье Федоровне.

В марте 1698 года при новом патриархе Андриане Карион стал начальником Печатного двора. И в качестве патриаршего секретаря составил заметки на все важнейшие события политической жизни России: Крымские походы времен правления Софьи Алексеевны, Азовские походы Петра 1695, 1696 годов, стрелецкое восстание 1698 года. Но со смертью своего благодетеля патриарха Андриана в 1700 году он потерял прежний вес и в 1701 году уступил место начальника Печатного двора Федору Поликарпову, а вскоре и вообще отошел от издательского дела и переехал в Новгород, где занялся преподавательской и переводческой деятельностью при церковной школе.

Иеромонах Карион похоронен на кладбище Чудова монастыря.